
рдкреНрд░рд╡рд┐рд╖реНрдЯрд┐
рдбреЗрдЯрд╛ рдХреЗ рд╕рд╛рде рдХрд╛рдо рдХрд░рддреЗ рд╕рдордп рдореБрдЦреНрдп рд╕рдорд╕реНрдпрд╛рдУрдВ рдореЗрдВ рд╕реЗ рдПрдХ рдЗрд╕рдХрд╛ рдЖрдХрд╛рд░ рд╣реИред рд╣рдо рд╣рдореЗрд╢рд╛ рдЬреНрдпрд╛рджрд╛ рд╕реЗ рдЬреНрдпрд╛рджрд╛ рдлрд┐рдЯ рд╣реЛрдирд╛ рдЪрд╛рд╣рддреЗ рд╣реИрдВред рд▓реЗрдХрд┐рди рдХрднреА-рдХрднреА рдРрд╕рд╛ рдирд╣реАрдВ рдХрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛рддрд╛ рд╣реИред рдЗрд╕рд▓рд┐рдП, рд╡рд┐рднрд┐рдиреНрди рдЕрднрд┐рд▓реЗрдЦрд╛рдЧрд╛рд░ рд╣рдорд╛рд░реА рд╕рд╣рд╛рдпрддрд╛ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдЖрддреЗ рд╣реИрдВред рд▓реЗрдХрд┐рди рд╡реЗ рдбреЗрдЯрд╛ рдХреЛ рдХреИрд╕реЗ рд╕рдВрдкреАрдбрд╝рд┐рдд рдХрд░рддреЗ рд╣реИрдВ? рдореИрдВ рдЙрдирдХреЗ рдХрд╛рдо рдХреЗ рд╕рд┐рджреНрдзрд╛рдВрдд рдХреЗ рдмрд╛рд░реЗ рдореЗрдВ рдирд╣реАрдВ рд▓рд┐рдЦреВрдВрдЧрд╛, рдореИрдВ рдХреЗрд╡рд▓ рдХрдИ рд╕рдВрдкреАрдбрд╝рди рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рджрдо рдХреЗ рдмрд╛рд░реЗ рдореЗрдВ рдмрд╛рдд рдХрд░реВрдВрдЧрд╛ рдЬреЛ рд╡реЗ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рддреЗ рд╣реИрдВред
рд╣рдлрд╝рдореИрди рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рджрдо
рдХреЛрдбреНрд╕ рдпрд╛ рд╣рдлрд╝рдореИрди рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рдердо (рд╣рдлрд╝рдореИрди рдХреЛрдб) рдбреЗрдЯрд╛ рд╕рдВрдкреАрдбрд╝рди рдХреА рдПрдХ рд╡реНрдпрд╛рдкрдХ рдФрд░ рдмрд╣реБрдд рдкреНрд░рднрд╛рд╡реА рд╡рд┐рдзрд┐ рд╣реИ, рдЬреЛ рдЗрд╕ рдбреЗрдЯрд╛ рдХреА рд╡рд┐рд╢реЗрд╖рддрд╛рдУрдВ рдХреЗ рдЖрдзрд╛рд░ рдкрд░, рдЖрдорддреМрд░ рдкрд░ 20% рд╕реЗ 90% рд╡реЙрд▓реНрдпреВрдо рддрдХ рдмрдЪрд╛рддрд╛ рд╣реИредрд╣рдо рд╡рд░реНрдгреЛрдВ рдХреЗ рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо рдХрд╛ рдкреНрд░рддрд┐рдирд┐рдзрд┐рддреНрд╡ рдХрд░рдиреЗ рд╡рд╛рд▓реЗ рдбреЗрдЯрд╛ рдкрд░ рд╡рд┐рдЪрд╛рд░ рдХрд░рддреЗ рд╣реИрдВред рд▓рд╛рд▓рдЪреА рд╣рдлрд╝рдореИрди рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рдереНрдо рдПрдХ рддрд╛рд▓рд┐рдХрд╛ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рддрд╛ рд╣реИ рдЬрд┐рд╕рдореЗрдВ рдХреБрдЫ рд╡рд░реНрдгреЛрдВ рдХреА рдШрдЯрдирд╛ рдХреА рдЖрд╡реГрддреНрддрд┐ рд╣реЛрддреА рд╣реИред рдЗрд╕ рддрд╛рд▓рд┐рдХрд╛ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдХреЗ, рдмрд╛рдЗрдирд░реА рд╕реНрдЯреНрд░рд┐рдВрдЧ рдХреЗ рд░реВрдк рдореЗрдВ рдкреНрд░рддреНрдпреЗрдХ рд╡рд░реНрдг рдХрд╛ рдЗрд╖реНрдЯрддрдо рдкреНрд░рддрд┐рдирд┐рдзрд┐рддреНрд╡ рдирд┐рд░реНрдзрд╛рд░рд┐рдд рдХрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛рддрд╛ рд╣реИред
рдХреЛрдб рдмрд┐рд▓реНрдбрд┐рдВрдЧ
рд╣рдлрд╝рдореИрди рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рдереНрдо рдЗрд╕ рд╡рд┐рдЪрд╛рд░ рдкрд░ рдЖрдзрд╛рд░рд┐рдд рд╣реИ: рдЫреЛрдЯреЗ рдкрд╛рддреНрд░реЛрдВ рдХреЛ рд╕рд╛рдВрдХреЗрддрд┐рдХ рд╢рдмреНрджреЛрдВ рдореЗрдВ рдмрджрд▓рдирд╛ рдЬреЛ рдЕрдзрд┐рдХ рд╕рд╛рдорд╛рдиреНрдп рд╣реИрдВ, рдФрд░ рдЬреЛ рд▓рдВрдмреЗ рд╕рдордп рддрдХ рд╕рд╛рдВрдХреЗрддрд┐рдХ рд╢рдмреНрджреЛрдВ рдореЗрдВ рдХрдо рд╣реЛрдиреЗ рдХреА рд╕рдВрднрд╛рд╡рдирд╛ рд░рдЦрддреЗ рд╣реИрдВред рд╣рдлрд╝рдореИрди рдХреЛрдб рдмрдирд╛рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП, рд╣рдореЗрдВ рдкреНрд░рддреАрдХ рдЖрд╡реГрддреНрддрд┐рдпреЛрдВ рдХреА рдПрдХ рддрд╛рд▓рд┐рдХрд╛ рдХреА рдЖрд╡рд╢реНрдпрдХрддрд╛ рд╣реЛрддреА рд╣реИред рдЖрдЗрдП рдПрдХ рд╕рд░рд▓ рд░реЗрдЦрд╛ рдЕрдмрдХрд╛рдмрд╛ рдкрд░ рдирд┐рд░реНрдорд╛рдг рдХреЛрдб рдХреЗ рдПрдХ рдЙрджрд╛рд╣рд░рдг рдХреЛ рджреЗрдЦреЗрдВ
- рдПрдмреАрд╕реА
- рек реи рез
рд╣рдо рдмреА рдФрд░ рд╕реА рдХреА рдкреНрд░рдХреНрд░рд┐рдпрд╛ рдХрд░рддреЗ рд╣реИрдВ

рдЕрдЧрд▓рд╛ рдХрджрдо рдПрдХ рдРрд╕реЗ рдкреЗрдбрд╝ рдХрд╛ рдирд┐рд░реНрдорд╛рдг рдХрд░рдирд╛ рд╣реИ рдЬрд╣рд╛рдВ рдХреЛрдиреЗ "рдкреНрд░рддреАрдХ" рд╣реИрдВ рдФрд░ рдЙрдирдХреЗ рд▓рд┐рдП рдкрде рдЙрдирдХреЗ рдЙрдкрд╕рд░реНрдЧ рдХреЛрдб рдХреЗ рдЕрдиреБрд░реВрдк рд╣реИрдВред рдРрд╕рд╛ рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП, рдкреНрд░рддреНрдпреЗрдХ рдЪрд░рдг рдореЗрдВ рд╣рдо рджреЛ рдкрд╛рддреНрд░реЛрдВ рдХреЛ рдиреНрдпреВрдирддрдо рдШрдЯрдирд╛ рдЖрд╡реГрддреНрддрд┐ рдХреЗ рд╕рд╛рде рд▓реЗрдВрдЧреЗ, рдФрд░ рдЙрдиреНрд╣реЗрдВ рдирдП рддрдерд╛рдХрдерд┐рдд рд╡рд░реНрдгреЛрдВ рдореЗрдВ рд╕рдВрдпреЛрдЬрд┐рдд рдХрд░реЗрдВрдЧреЗ, рдЬрд┐рдирдХреЗ рд╕рд╛рде рд╣рдо рд╕рдВрдпреБрдХреНрдд рд╣реЛрддреЗ рд╣реИрдВ, рдФрд░ рдЙрдиреНрд╣реЗрдВ рдХрд┐рдирд╛рд░реЛрдВ рд╕реЗ рдЬреЛрдбрд╝рддреЗ рд╣реИрдВ, рдЗрд╕ рдкреНрд░рдХрд╛рд░ рдПрдХ рдкреЗрдбрд╝ рдмрдирд╛рддреЗ рд╣реИрдВ (рдЖрдХреГрддрд┐ рджреЗрдЦреЗрдВ)ред рд╣рдо рдЙрди рд╕рднреА рд╡рд░реНрдгреЛрдВ рд╕реЗ рдиреНрдпреВрдирддрдо рджреЛ рд╡рд░реНрдгреЛрдВ рдХреЛ рдЪреБрдиреЗрдВрдЧреЗ, рдЬрд┐рдиреНрд╣реЗрдВ рд╣рдордиреЗ рдкрд╣рд▓реЗ рд╣реА рдЪреБрдирд╛ рд╣реИред рдЙрджрд╛рд╣рд░рдг рдореЗрдВ, рд╣рдо рд╡рд░реНрдг b рдФрд░ c рдХреЛ рд╡рд░реНрдг bc рдореЗрдВ 3 рдХреА рдЖрд╡реГрддреНрддрд┐ рдХреЗ рд╕рд╛рде рдЬреЛрдбрд╝рддреЗ рд╣реИрдВред рдЕрдЧрд▓рд╛, a рдФрд░ bc рдХреЛ рд╡рд░реНрдг abc рдореЗрдВ рдорд┐рд▓рд╛рддреЗ рд╣реИрдВ, рдЬрд┐рд╕рд╕реЗ рдПрдХ рд╡реГрдХреНрд╖ рдкреНрд░рд╛рдкреНрдд рд╣реЛрддрд╛ рд╣реИред рдЕрдм рд░реВрдЯ (рдПрдмреАрд╕реА) рд╕реЗ рдкрддреНрддрд┐рдпреЛрдВ рддрдХ рдХреЗ рд░рд╛рд╕реНрддреЗ рд╣рдлрдореИрди рдХреЛрдб (рдкреНрд░рддреНрдпреЗрдХ рдХрд┐рдирд╛рд░реЗ 1 рдпрд╛ 0 рд╕реЗ рдореЗрд▓ рдЦрд╛рддреЗ рд╣реИрдВ)
рдкрд░рд┐рдгрд╛рдореА рд╡реГрдХреНрд╖

рдПрдордЯреАрдПрдл рд░реВрдкрд╛рдВрддрд░рдг
рдПрдордЯреАрдПрдл рд░реВрдкрд╛рдВрддрд░рдг (рдореВрд╡-рдЯреВ-рдлреНрд░рдВрдЯ) рдПрдХ рдХреЛрдбрд┐рдВрдЧ рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рджрдо рд╣реИ рдЬрд┐рд╕рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рд╕рдВрдкреАрдбрд╝рди рд╕реЗ рдкрд╣рд▓реЗ рдбреЗрдЯрд╛ (рдЖрдорддреМрд░ рдкрд░ рдПрдХ рдмрд╛рдЗрдЯ рд╕реНрдЯреНрд░реАрдо) рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдХрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛рддрд╛ рд╣реИ, рдЬрд┐рд╕реЗ рдмрд╛рдж рдХреЗ рдХреЛрдбрд┐рдВрдЧ рдХреЗ рдкреНрд░рджрд░реНрд╢рди рдореЗрдВ рд╕реБрдзрд╛рд░ рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдбрд┐рдЬрд╝рд╛рдЗрди рдХрд┐рдпрд╛ рдЧрдпрд╛ рд╣реИредрдХреЛрдб рдмрд┐рд▓реНрдбрд┐рдВрдЧ
рдкреНрд░рд╛рд░рдВрдн рдореЗрдВ, рдкреНрд░рддреНрдпреЗрдХ рд╕рдВрднрд╛рд╡рд┐рдд рдмрд╛рдЗрдЯ рдорд╛рди рдПрдХ рд╕реВрдЪреА (рд╡рд░реНрдгрдорд╛рд▓рд╛) рдореЗрдВ рджрд░реНрдЬ рдХрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛рддрд╛ рд╣реИ, рдПрдХ рд╕реЗрд▓ рдореЗрдВ рдмрд╛рдЗрдЯ рдорд╛рди рдХреЗ рдмрд░рд╛рдмрд░ рд╕рдВрдЦреНрдпрд╛ рдХреЗ рд╕рд╛рде, рдЕрд░реНрдерд╛рддред (0, 1, 2, 3, ..., 255)ред рдбреЗрдЯрд╛ рдкреНрд░реЛрд╕реЗрд╕рд┐рдВрдЧ рдХреЗ рджреМрд░рд╛рди, рдпрд╣ рд╕реВрдЪреА рдмрджрд▓ рдЬрд╛рддреА рд╣реИред рдЬреИрд╕реЗ рд╣реА рдЕрдЧрд▓рд╛ рдЪрд░рд┐рддреНрд░ рдЖрддрд╛ рд╣реИ, рдЙрд╕рдХреЗ рдорд╛рди рд╡рд╛рд▓реЗ рддрддреНрд╡ рдХреА рд╕рдВрдЦреНрдпрд╛ рдЖрдЙрдЯрдкреБрдЯ рд╣реЛрддреА рд╣реИред рдЙрд╕рдХреЗ рдмрд╛рдж, рдпрд╣ рдЪрд░рд┐рддреНрд░ рд╕реВрдЪреА рдХреА рд╢реБрд░реБрдЖрдд рдореЗрдВ рд░рд╣рддрд╛ рд╣реИ, рд╢реЗрд╖ рддрддреНрд╡реЛрдВ рдХреЛ рджрд╛рдИрдВ рдУрд░ рд╕реНрдерд╛рдирд╛рдВрддрд░рд┐рдд рдХрд░рддрд╛ рд╣реИред
рдЖрдзреБрдирд┐рдХ рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рджрдо (рдЙрджрд╛рд╣рд░рдг рдХреЗ рд▓рд┐рдП, bzip2) MTF рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рдереНрдо рд╕реЗ рдкрд╣рд▓реЗ BWT рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рдереНрдо рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рддреЗ рд╣реИрдВ, рдЗрд╕рд▓рд┐рдП, рдЙрджрд╛рд╣рд░рдг рдХреЗ рд░реВрдк рдореЗрдВ, рд╕реНрдЯреНрд░рд┐рдВрдЧ "ABACABA" рд╕реЗ рдкреНрд░рд╛рдкреНрдд рд╕реНрдЯреНрд░рд┐рдВрдЧ s = "BCABAAA" рдкрд░ рд╡рд┐рдЪрд╛рд░ рдХрд░реЗрдВ, рдЬреЛ рдмрд░реНрдЧрд╕-рд╡реНрд╣реАрд▓рд░ рдЯреНрд░рд╛рдВрд╕рдлреЙрд░реНрдо (рдмрд╛рдж рдореЗрдВ рдЗрд╕рдХреЗ рдмрд╛рд░реЗ рдореЗрдВ) рдХреЗ рдкрд░рд┐рдгрд╛рдорд╕реНрд╡рд░реВрдк рд╣реЛрддрд╛ рд╣реИред рд╕реНрдЯреНрд░рд┐рдВрдЧ s = 'B' рдХрд╛ рдкрд╣рд▓рд╛ рд╡рд░реНрдг рд╡рд░реНрдгрдорд╛рд▓рд╛ "ABC" рдХрд╛ рджреВрд╕рд░рд╛ рддрддреНрд╡ рд╣реИ, рдЗрд╕рд▓рд┐рдП, рдЖрдЙрдЯрдкреБрдЯ 1. рд╡рд░реНрдгрдорд╛рд▓рд╛ рдХреЗ рдЖрд░рдВрдн рдореЗрдВ 'B' рдХреЛ рд╕реНрдерд╛рдирд╛рдВрддрд░рд┐рдд рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рдмрд╛рдж, рдпрд╣ "BAC" рд░реВрдк рд▓реЗрддрд╛ рд╣реИред рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рдереНрдо рдХреЗ рдЖрдЧреЗ рдХрд╛рдо:
- рдкреНрд░рддреАрдХ рд╕реВрдЪреА рдЖрдЙрдЯрдкреБрдЯ
- рдмреА рдПрдмреАрд╕реА рез
- рд╕реА рдмреАрдПрд╕реА 2
- рдПрдХ CBA 2
- рдмреА рдПрд╕реАрдмреА реи
- рдПрдХ рдмреАрдПрд╕реА рез
- рдПрдХ рдПрдмреАрд╕реА реж
- рдПрдХ рдПрдмреАрд╕реА реж
рдЗрд╕ рдкреНрд░рдХрд╛рд░, рдПрдордЯреАрдПрдл (рдПрд╕) рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рдереНрдо рдХрд╛ рдкрд░рд┐рдгрд╛рдо "1222100" рд╣реИред
рдЙрд▓рдЯрд╛ рдкрд░рд┐рд╡рд░реНрддрди
рд╕реНрдЯреНрд░рд┐рдВрдЧ рдХреЛ = "1222100" рдФрд░ рдореВрд▓ рд╡рд░реНрдгрдорд╛рд▓рд╛ "рдПрдмреАрд╕реА" рджрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛рдПред рд╡рд░реНрдгрдорд╛рд▓рд╛ рдореЗрдВ рд╡рд░реНрдг рд╕рдВрдЦреНрдпрд╛ 1 'B' рд╣реИред рдЖрдЙрдЯрдкреБрдЯ 'рдмреА' рд╣реИ, рдФрд░ рдпрд╣ рдЪрд░рд┐рддреНрд░ рд╡рд░реНрдгрдорд╛рд▓рд╛ рдХреА рд╢реБрд░реБрдЖрдд рдореЗрдВ рдЪрд▓рддрд╛ рд╣реИред рд╡рд░реНрдгрдорд╛рд▓рд╛ рдореЗрдВ рд╡рд░реНрдг рд╕рдВрдЦреНрдпрд╛ 2 'A' рд╣реИ, рдЗрд╕рд▓рд┐рдП 'A' рдЖрдЙрдЯрдкреБрдЯ рд╣реИ рдФрд░ рд╡рд░реНрдгрдорд╛рд▓рд╛ рдХреА рд╢реБрд░реБрдЖрдд рдореЗрдВ рд▓реЗ рдЬрд╛рдпрд╛ рдЬрд╛рддрд╛ рд╣реИред рдЖрдЧреЗ рднреА рд░реВрдкрд╛рдВрддрд░рдг рд╕рдорд╛рди рд╣реИред
- рдкреНрд░рддреАрдХ рд╕реВрдЪреА рдЖрдЙрдЯрдкреБрдЯ
- 1 рдПрдмреАрд╕реА рдмреА
- 2 рдмреАрдПрд╕реА рд╕реА
- 2 рд╕реАрдмреАрдП рдП
- 2 рдПрд╕реАрдмреА рдмреА
- 1 рдмреАрдПрд╕реА рдП
- 0 рдПрдмреАрд╕реА рдП
- 0 рдПрдмреАрд╕реА рдП
рддреЛ рдореВрд▓ рд╕реНрдЯреНрд░рд┐рдВрдЧ s = "BCABAAA" рд╣реИред
рдмрд░реЛрдЬрд╝-рд╡реНрд╣реАрд▓рд░ рдкрд░рд┐рд╡рд░реНрддрди
рдмрд░реЛрдЬрд╝-рд╡реНрд╣реАрд▓рд░ рдЯреНрд░рд╛рдВрд╕рдлрд╝реЙрд░реНрдо (рдмреАрдбрдмреНрд▓реНрдпреВрдЯреА) рдПрдХ рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рдереНрдо рд╣реИ рдЬрд┐рд╕рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдбреЗрдЯрд╛ рдХрдВрдкреНрд░реЗрд╢рди рддрдХрдиреАрдХреЛрдВ рдореЗрдВ рд╕реНрд░реЛрдд рдбреЗрдЯрд╛ рдХреЛ рдмрджрд▓рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдХрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛рддрд╛ рд╣реИредBzip2 рдПрдХ рд╣реА рдЕрдХреНрд╖рд░ рдХреЗ рддрд╛рд░ рдореЗрдВ рдХрдИ рд╡реИрдХрд▓реНрдкрд┐рдХ рдкрд╛рддреНрд░реЛрдВ рдХреЗ рджреГрд╢реНрдпреЛрдВ рдХреЛ рдЪрд╛рд▓реВ рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдмрд░реЛрдЬрд╝-рд╡реНрд╣реАрд▓рд░ рдЯреНрд░рд╛рдВрд╕рдлрд╝реЙрд░реНрдо рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рддрд╛ рд╣реИ, рдлрд┐рд░ MTF рдЯреНрд░рд╛рдВрд╕рдлрд╝реЙрд░реНрдо рдФрд░ рдЕрдВрддрддрдГ рд╣рдлрд╝рдореИрди рдХреЛрдбрд┐рдВрдЧ рд▓рд╛рдЧреВ рдХрд░рддрд╛ рд╣реИред
рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рджрдо рдСрдкрд░реЗрд╢рди
рд░реВрдкрд╛рдВрддрд░рдг рддреАрди рдЪрд░рдгреЛрдВ рдореЗрдВ рдХрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛рддрд╛ рд╣реИред рдкрд╣рд▓реЗ рдЪрд░рдг рдореЗрдВ, рдЗрдирдкреБрдЯ рдкрдВрдХреНрддрд┐ рдХреЗ рд╕рднреА рдЪрдХреНрд░реАрдп рдкрд╛рд░рд┐рдпреЛрдВ рдХреА рдПрдХ рддрд╛рд▓рд┐рдХрд╛ рд╕рдВрдХрд▓рд┐рдд рдХреА рдЬрд╛рддреА рд╣реИред рджреВрд╕рд░реЗ рдЪрд░рдг рдореЗрдВ, рддрд╛рд▓рд┐рдХрд╛ рдкрдВрдХреНрддрд┐рдпреЛрдВ рдХреА рдЫрдВрдЯрдиреА (рд╡рд░реНрдгрдорд╛рд▓рд╛ рдХреНрд░рдо рдореЗрдВ) рдХреА рдЬрд╛рддреА рд╣реИред рддреАрд╕рд░реЗ рдЪрд░рдг рдореЗрдВ, рд░реВрдкрд╛рдВрддрд░рдг рддрд╛рд▓рд┐рдХрд╛ рдХреЗ рдЕрдВрддрд┐рдо рдХреЙрд▓рдо рдХреЛ рдЖрдЙрдЯрдкреБрдЯ рдкрдВрдХреНрддрд┐ рдХреЗ рд░реВрдк рдореЗрдВ рдЪреБрдирд╛ рдЬрд╛рддрд╛ рд╣реИред рдирд┐рдореНрди рдЙрджрд╛рд╣рд░рдг рд╡рд░реНрдгрд┐рдд рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рдереНрдо рдХреЛ рджрд┐рдЦрд╛рддрд╛ рд╣реИ:
рд╣рдореЗрдВ рдкреНрд░рд╛рд░рдВрднрд┐рдХ рд╕реНрдЯреНрд░рд┐рдВрдЧ s = "ABACABA" рджрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛рдПред

рд╣рдо рд╕рдВрдХреНрд╖реЗрдк рдореЗрдВ рдЗрд╕ рддрд░рд╣ рд╕реЗ рдкрд░рд┐рдгрд╛рдо рд▓рд┐рдЦрддреЗ рд╣реИрдВ: BWT (s) ("BCABAAA", 3), рдЬрд╣рд╛рдВ 3 рдХреНрд░рдордмрджреНрдз рдореИрдЯреНрд░рд┐рдХреНрд╕ рдореЗрдВ рдореВрд▓ рдкрдВрдХреНрддрд┐ рдХреА рд╕рдВрдЦреНрдпрд╛ рд╣реИ, рдХреНрдпреЛрдВрдХрд┐ рдпрд╣ рдЙрд▓рдЯрд╛ рдкрд░рд┐рд╡рд░реНрддрди рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдЖрд╡рд╢реНрдпрдХ рд╣реЛ рд╕рдХрддрд╛ рд╣реИред
рдпрд╣ рдзреНрдпрд╛рди рджрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛рдирд╛ рдЪрд╛рд╣рд┐рдП рдХрд┐ рдХрднреА-рдХрднреА рддрдерд╛рдХрдерд┐рдд $ рдЕрдВрдд-рд▓рд╛рдЗрди рдЪрд░рд┐рддреНрд░ рд╕реНрд░реЛрдд рд▓рд╛рдЗрди рдореЗрдВ рджрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛рддрд╛ рд╣реИ, рдЬрд┐рд╕реЗ рд░реВрдкрд╛рдВрддрд░рдг рдореЗрдВ рдЕрдВрддрд┐рдо рдЪрд░рд┐рддреНрд░ рдорд╛рдирд╛ рдЬрд╛рдПрдЧрд╛, рдлрд┐рд░ рдореВрд▓ рдкрдВрдХреНрддрд┐ рдХреА рд╕рдВрдЦреНрдпрд╛ рдХреЛ рд╕рд╣реЗрдЬрдиреЗ рдХреА рдЖрд╡рд╢реНрдпрдХрддрд╛ рдирд╣реАрдВ рд╣реИред рдКрдкрд░ рджрд┐рдП рдЧрдП рд╕рдорд╛рди рд░реВрдкрд╛рдВрддрд░рдг рдХреЗ рд╕рд╛рде, рдореИрдЯреНрд░рд┐рдХреНрд╕ рдореЗрдВ рд╡рд╣ рд░реЗрдЦрд╛, рдЬреЛ рдкрдВрдХреНрддрд┐ рд╡рд░реНрдг рдХреЗ рдЕрдВрдд рдХреЗ рд╕рд╛рде рд╕рдорд╛рдкреНрдд рд╣реЛрдЧреА рдФрд░ рдореВрд▓ рдПрдХ рд╣реЛрдЧреА ("ABACABA $")ред рдЗрд╕ рдорд╛рдорд▓реЗ рдореЗрдВ, рдореИрдЯреНрд░рд┐рдХреНрд╕ рдХреЛ рдЫрд╛рдВрдЯрддреЗ рд╕рдордп, рдЗрд╕ рдкреНрд░рддреАрдХ рдХреЛ рд╡рд░реНрдгрдорд╛рд▓рд╛ рдХреЗ рд╕рднреА рдкреНрд░рддреАрдХреЛрдВ рдХреЗ рдмрд╛рдж рд╕рдмрд╕реЗ рд╣рд╛рд▓ рдХрд╛ рдорд╛рдирд╛ рдЬрд╛рдПрдЧрд╛ред рдлрд┐рд░ рдкрд░рд┐рдгрд╛рдо BWT (s) = "$ CBBAAAA" рдХреЗ рд░реВрдк рдореЗрдВ рд▓рд┐рдЦрд╛ рдЬрд╛ рд╕рдХрддрд╛ рд╣реИред рдпрд╣ рдкрд╣рд▓реЗ рдХреЗ рдмрд░рд╛рдмрд░ рд╣реЛрдЧрд╛, рдХреНрдпреЛрдВрдХрд┐ рдЗрд╕рдореЗрдВ рдореВрд▓ рд╕реНрдЯреНрд░рд┐рдВрдЧ рдХреЗ рд╕рднреА рд╡рд░реНрдг рднреА рд╢рд╛рдорд┐рд▓ рд╣реИрдВред
рдЙрд▓рдЯрд╛ рдкрд░рд┐рд╡рд░реНрддрди
рд╣рдореЗрдВ рджрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛рдП: BWT (s) = ("BCABAAA", 3)ред рдлрд┐рд░ рд╣рдо рдХреЙрд▓рдо рдореЗрдВ рд╣рдорд╛рд░реЗ рд░реВрдкрд╛рдВрддрд░рд┐рдд рдЪрд░рд┐рддреНрд░ рдЕрдиреБрдХреНрд░рдо "BCABAAA" рдореЗрдВ рд▓рд┐рдЦреЗрдВрдЧреЗред рд╣рдо рдЗрд╕реЗ рдкрд┐рдЫрд▓реЗ рдореИрдЯреНрд░рд┐рдХреНрд╕ рдХреЗ рдЕрдВрддрд┐рдо рдХреЙрд▓рдо рдХреЗ рд░реВрдк рдореЗрдВ рд▓рд┐рдЦрддреЗ рд╣реИрдВ (рд╕реАрдзреЗ рдмрд░реЛрдЬрд╝ рдХреЗ рд╕рд╛рде - рд╡реНрд╣реАрд▓рд░ рдкрд░рд┐рд╡рд░реНрддрди), рдЬрдмрдХрд┐ рд╕рднреА рдкрд┐рдЫрд▓реЗ рдХреЙрд▓рдо рдЦрд╛рд▓реА рдЫреЛрдбрд╝ рджреЗрддреЗ рд╣реИрдВред рдЕрдЧрд▓рд╛, рд╣рдо рдкрдВрдХреНрддрд┐ рджреНрд╡рд╛рд░рд╛ рдореИрдЯреНрд░рд┐рдХреНрд╕ рдкрдВрдХреНрддрд┐ рдХреЛ рд╕реЙрд░реНрдЯ рдХрд░рддреЗ рд╣реИрдВ, рдлрд┐рд░ рдкрд┐рдЫрд▓реЗ рдХреЙрд▓рдо рдореЗрдВ рд╣рдо "рдмреАрд╕реАрдПрдмреАрдПрдПрдП" рд▓рд┐рдЦрддреЗ рд╣реИрдВред рдлрд┐рд░ рд╕реЗ, рдкрдВрдХреНрддрд┐ рд╕реЗ рдореИрдЯреНрд░рд┐рдХреНрд╕ рдкрдВрдХреНрддрд┐ рдХреЛ рд╕реЙрд░реНрдЯ рдХрд░реЗрдВред рдЗрд╕ рддрд░рд╣ рд╕реЗ рдЬрд╛рд░реА рд░рдЦрддреЗ рд╣реБрдП, рд╣рдо рдЙрд╕ рд╕реНрдЯреНрд░рд┐рдВрдЧ рдХреЗ рд╕рднреА рдЪрдХреНрд░реАрдп рдХреНрд░рдорд╛рдВрдХрди рдХреА рдкреВрд░реА рд╕реВрдЪреА рдХреЛ рдкреБрдирд░реНрд╕реНрдерд╛рдкрд┐рдд рдХрд░ рд╕рдХрддреЗ рд╣реИрдВ рдЬрд┐рд╕реЗ рд╣рдореЗрдВ рдЦреЛрдЬрдиреЗ рдХреА рдЖрд╡рд╢реНрдпрдХрддрд╛ рд╣реИред рдХреНрд░рдордкрд░рд┐рд╡рд░реНрддрди рдХреА рдкреВрд░реА рддрд░рд╣ рд╕реЗ рдирд┐рд░реНрдорд┐рдд рд╕реВрдЪреА рдмрдирд╛рдиреЗ рдХреЗ рдмрд╛рдж, рд╣рдо рдЙрд╕ рд╕рдВрдЦреНрдпрд╛ рдХреЗ рд╕рд╛рде рдкрдВрдХреНрддрд┐ рдХрд╛ рдЪрдпрди рдХрд░рддреЗ рд╣реИрдВ рдЬреЛ рдореВрд▓ рд░реВрдк рд╕реЗ рд╣рдореЗрдВ рджреА рдЧрдИ рдереАред рдирддреАрдЬрддрди, рд╣рдореЗрдВ рд╡рд╛рдВрдЫрд┐рдд рд╕реНрдЯреНрд░рд┐рдВрдЧ рдорд┐рд▓рддрд╛ рд╣реИред рдЙрд▓рдЯрд╛ рд░реВрдкрд╛рдВрддрд░рдг рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рджрдо рдиреАрдЪреЗ рджреА рдЧрдИ рддрд╛рд▓рд┐рдХрд╛ рдореЗрдВ рд╡рд░реНрдгрд┐рдд рд╣реИ:

рдпрд╣ рднреА рдзреНрдпрд╛рди рджрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛рдирд╛ рдЪрд╛рд╣рд┐рдП рдХрд┐ рдЕрдЧрд░ рд╣рдореЗрдВ BWT (s) = "$ CBBAAAA" рджрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛рддрд╛ рд╣реИ, рддреЛ рд╣рдореЗрдВ рдЕрдкрдирд╛ рдореВрд▓ рд╕реНрдЯреНрд░рд┐рдВрдЧ рднреА рдорд┐рд▓реЗрдЧрд╛, рдХреЗрд╡рд▓ рдЕрдВрдд рдореЗрдВ рд▓рд╛рдЗрди рдХрд╛ рдкрд╛рддреНрд░ $ рдХреЗ рд╕рд╛рде: ABACABA $ред
рдирд┐рд╖реНрдХрд░реНрд╖
рдЗрди рддреАрди рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рджрдо рдХрд╛ рдЗрд╕реНрддреЗрдорд╛рд▓ рдЖрдЬ рдбреЗрдЯрд╛ рдХрдВрдкреНрд░реЗрд╢рди рдХреЗ рд▓рд┐рдП bzip2 рдпреВрдЯрд┐рд▓рд┐рдЯреА рдореЗрдВ рдХрд┐рдпрд╛ рдЬрд╛рддрд╛ рд╣реИред рд▓реЗрдХрд┐рди рдХреЗрд╡рд▓ рдЗрд╕рд▓рд┐рдП рдирд╣реАрдВ рдХрд┐ рдпреЗ рдПрд▓реНрдЧреЛрд░рд┐рджрдо рдЕрдкрдиреЗ рдХрд╛рдо рдореЗрдВ рдмрд╣реБрдд рдкреНрд░рднрд╛рд╡реА рд╣реИрдВред