एकल पुनर्रचना या RNAInSpace v.1.3 का इतिहास। डेमो

हाल ही में जटिल प्रणालियों के विकास के लिए एक नियम था । एक परियोजना की कहानी , जहां लेखक का वर्णन है कि कैसे उसने सफलतापूर्वक एक परियोजना में "सीमांकित" किया, और फिर सब कुछ फेंक दिया और इसे खरोंच के साथ फिर से लिखा।

मैं इसके विपरीत कहानी बताने की कोशिश करूंगा। यहाँ लगभग एक महीने पहले, मैंने अपने स्वयं के विकास का एक डेमो संस्करण प्रस्तुत करने का असफल प्रयास किया (देखें भाग संख्या 7. RNAInSpace - अंतरिक्ष में आरएनए के अर्ध-स्वचालित निर्माण के लिए सॉफ़्टवेयर )।

यह पता चला कि डाउनलोड ग्राफिक्स दिखाने के लिए जिम्मेदार एक मॉड्यूल काम नहीं करता है। संक्षेप में, RNAInSpace प्रोजेक्ट अंतरिक्ष में RNA के अर्ध-स्वचालित निर्माण के लिए एक सॉफ्टवेयर है। यह आरएनए संरचना का 3 डी दृश्य प्रदान करता है, इसे बदलने की अनुमति देता है, और आरएनएवर्ल्ड मॉड्यूल का उपयोग करके यह आपको आरएनए तह के कुछ चरणों को स्वचालित करने की अनुमति देता है।

विषय पर पहुंचने के लिए, मैंने यहाँ कई लेख लिखे:
प्रोटीन से आरएनए , मैट तक। मापदंड श्रृंखला के घुमावों की संख्या को कैसे कम करें? एकल-फंसे आरएनए के तह का मूल्यांकन कैसे करें? , प्रतिकूल , एक मौलिक समस्या के साथ खेल में अनुकूलन तरीकों की सीमा , मल्टी-हेलिक्स आरएनए को तह करने के लिए परिचय

लेकिन इस लेख को विषय क्षेत्र को जानने के बिना चर्चा की जा सकती है, उसी समय हम यह जांच करेंगे कि क्या विषय क्षेत्र के शब्दार्थ को जाने बिना सॉफ्टवेयर की गुणवत्ता का न्याय करना संभव है (मैं तर्क देता हूं कि यह संभव है)।

तो यह 3 डी विज़ुअलाइज़ेशन (RNAInSpaceDisplay मॉड्यूल) कुछ कंप्यूटरों पर काम नहीं करता था। ग्राफिक्स को लागू करने के लिए, मैंने मौजूदा VMD 1.8.7 परियोजना का उपयोग किया।

नीचे एक कहानी है कि मैंने अपनी जरूरतों के हिसाब से वीएमडी 1.8.7 को कैसे अनुकूलित किया।



पहले, चलो जांचें कि क्या यह परियोजना आपके लिए काम करती है , आप इसे यहां डाउनलोड कर सकते हैं । इसका उपयोग कैसे करें पर टिप्पणियाँ लेख भाग संख्या 7 में वर्णित हैं । RNAInSpace - अंतरिक्ष में RNA के अर्ध-स्वचालित निर्माण के लिए सॉफ्टवेयर । केवल जोड़ी गई चीज RNAInSpaceDisplay निर्देशिका है, जहां .exe स्थित है। यदि ग्राफिक आपके साथ शुरू नहीं हुआ है, तो इसे चलाएं .exe - मेरे लिए यह जानना महत्वपूर्ण है कि क्या यह C # के साथ C ++ को जोड़ने का मामला है, या यह ग्राफिक्स का मामला है। बस RNAInSpaceDisplay.exe को चेतावनी देने का कोई रास्ता नहीं है (हम कार्य प्रबंधक के माध्यम से कार्य को हटाते हैं)।

विषय में रुचि रखने वालों के लिए - आइए इस सॉफ्टवेयर और परियोजना के विकास पर तुरंत चर्चा करें।

और नीचे मैं केवल ग्राफिक्स मॉड्यूल के बारे में थोड़ा बताऊंगा।

प्रारंभ में, VMD 1.8.7 C ++ में लिखा गया है और इसमें लगभग 85,000 स्वच्छ कोड (खाली लाइनों, टिप्पणियों आदि के बिना) शामिल हैं। मेरे अनुकूलन के बाद, कोड में 25,000 लाइनें (लगभग 100 फाइलें) शामिल हैं - सामान्य तौर पर, बहुत सारे।

मैंने इसे कई तरीकों से यंत्रवत रूप से अनुकूलित किया - मैंने VMD (जो कि काफी खराब है) से पूरे उपयोगकर्ता इंटरफ़ेस को फेंक दिया, ग्राफिक्स विंडो को छोड़कर, विंडोज के अलावा अन्य OSes के लिए शाखाएं हटा दीं (मैं दूसरों का समर्थन करने वाला नहीं हूं) और वह सब। मुझे कहना होगा कि कोड बहुत भयानक है, एक दाढ़ी के साथ, जिसे ओओपी में सामान्य रूप से लिखा गया है, लेकिन सब कुछ बहुत ही इंटरव्यू है, और वीएमडी से उपयोगकर्ता इंटरफ़ेस से जुड़ा हुआ है (जाहिर है कि डेवलपर्स ने एमवीसी के बारे में नहीं सुना है)।

सामान्य तौर पर, वीएमडी कोड की गुणवत्ता, और उन्होंने इसे इलिनोइस विश्वविद्यालय में लिखा है, खराब है। लेकिन उसके पास एक बड़ा प्लस है - यह बिना किसी समस्या के विंडोज के तहत काम करता है और संकलित करता है।

बेशक, अनुकूलन के दौरान, इसे "दिव्य रूप" में लाने के लिए आवश्यक था - इसे Microsoft Visual C ++ 2010 प्रोजेक्ट में डालें, अपनी ज़रूरत की सभी चीज़ों को कॉल करने के लिए एक रैपर क्लास लिखें और एक .dll बनाएं, जिसे मैं तब C # से उपयोग करता हूं।

पहले संस्करण में लगभग एक सप्ताह का पुनरुत्थान हुआ और हाल ही में एक और सप्ताह। और 50% समय मैंने कोड को स्वरूपित किया (मैंने टैब के साथ रिक्त स्थान को बदल दिया - संपादक ने इसे स्वचालित रूप से किया, लेकिन मुझे कोष्ठक डालना पड़ा, क्योंकि जब शैली कोष्ठक एक दूसरे के नीचे नहीं होती है तो मैं इस शैली को नहीं पचाता)।

वास्तव में, मुझे अभी भी समझ में नहीं आया कि यह कई मशीनों पर काम क्यों नहीं करता है। मैं तब से Windows7 x64 में, WindowsVista x32 के साथ आगे बढ़ा हूं। अब मैंने इन दो OS पर परीक्षण किया - मेरे लिए सब कुछ काम करता है।

लेकिन चलते-चलते, मैंने एक यूएमएल क्लास लिंक आरेख बनाया। मैं इसे चर्चा के लिए प्रदान करता हूं।



यहाँ उच्च रिज़ॉल्यूशन में ताकि आप विवरण देख सकें

यह सबसे अच्छा है जो पुनर्रचना के बाद हुआ :) यह बहुत बुरा था। लेकिन जैसा कि हम देखते हैं - और इसलिए बहुत पर्याप्त है। इसे क्यों और कैसे ठीक किया जाए? आइए इस विषय पर चर्चा करें। लेकिन मुख्य बात (!) यह सब खरोंच से फेंकने और फिर से लिखने का कारण नहीं है।