🐺 🏴󠁧󠁢󠁷󠁬󠁳󠁿 🍙 हम cppcheck के बाद मशरूमिंग करते हैं 👩🏿‍🚀 👨‍🚒 🚯

बिग कैलकुलेटर के बारे में गर्म चर्चा के बाद, मैं अनुसंधान से संबंधित परियोजनाओं में से कुछ और जांचना चाहता था। पहली चीज़ जो मिली वह थी एक खुली परियोजना, OpenMS, जो प्रोटीन मास स्पेक्ट्रोमेट्री से जुड़ी थी। यह परियोजना एक गंभीर दृष्टिकोण के साथ लिखी गई। विकास में, कम से कम Cppcheck का उपयोग किया जाता है। इसलिए कुछ भी सनसनीखेज इंतजार नहीं करना पड़ा। हालाँकि, Cppcheck के बाद PVS-Studio को किन त्रुटियों में कोई दिलचस्पी थी। इच्छुक व्यक्ति मैं आपको लेख पढ़ने के लिए आमंत्रित करता हूं।

एक OpenMS प्रोजेक्ट है। इसकी आवश्यकता क्यों है, मैं अपने शब्दों में प्रतिधारण नहीं करता हूं। फिर भी मूर्खता को हवा देते हैं। विकिपीडिया वेबसाइट से विवरण के टुकड़े को उद्धृत करने के लिए:

ओपनएमएस प्रोटीन मास स्पेक्ट्रोमेट्री में डेटा विश्लेषण और प्रसंस्करण के लिए एक ओपन-सोर्स प्रोजेक्ट है और इसे 2-खंड बीएसडी लाइसेंस के तहत जारी किया जाता है। ओपनएमएस में प्रोटिओमिक्स में उपयोग किए जाने वाले कई सामान्य डेटा विश्लेषण पाइपलाइनों के लिए उपकरण हैं, सिग्नल प्रोसेसिंग के लिए एल्गोरिदम प्रदान करते हैं, 1 डी (स्पेक्ट्रा या क्रोमैटोग्राम स्तर), 2 डी और 3 डी, मैपिंग मैपिंग और पेप्टाइड पहचान में विज़ुअलाइज़ेशन (डी-आइसोटोपिंग सहित)। यह लेबल-मुक्त और समस्थानिक-लेबल आधारित परिमाणीकरण (जैसे iTRAQ और TMT और SILAC) का समर्थन करता है। इसके अलावा, यह मेटाबोल्मिक्स वर्कफ़्लोज़ और DIA / SWATH लक्षित विश्लेषण का भी समर्थन करता है।

स्रोत: विकिपीडिया OpenMS

परियोजना आकार में मध्यम है, लेकिन बहुत जटिल है। स्रोत कोड का आकार 20 मेगाबाइट से अधिक है। प्लस थर्ड पार्टी लाइब्रेरी (बूस्ट, क्यूटी, ज़्लिब, और इसी तरह) की एक बड़ी संख्या। परियोजना बहुत सक्रिय रूप से टेम्पलेट्स का उपयोग करती है। SourceForge से प्रोजेक्ट सोर्स कोड डाउनलोड किया जा सकता है ।

ओपनएमएस प्रोजेक्ट विकसित करते समय, स्थिर कोड विश्लेषण का उपयोग किया जाता है। "Cppcheck.cmake" की उपस्थिति और की भावना में टिप्पणी:

if (i != peptide.size()) // added for cppcheck

इंगित करता है कि कम से कम Cppcheck का उपयोग किया जाता है। Cpplint का भी उल्लेख किया गया है और "cpplint.py" नामक एक फ़ाइल है। पेशेवर दृष्टिकोण। अच्छा किया।

अब देखते हैं कि पीवीएस-स्टूडियो विश्लेषक का उपयोग करके हम क्या पा सकते हैं।

नोट। किसी कारण से, C ++ फाइलें एक्सटेंशन * .c ले जाती हैं। इसलिए भ्रमित न हों जब आप '* .c' फ़ाइल में स्थित C ++ कोड का उदाहरण देखें।

1. OpenMP के साथ कमियां

मैं शायद ही कभी उन परियोजनाओं के पार आता हूं जो ओपनएमपी तकनीक का उपयोग करते हैं। सामान्य तौर पर, कभी-कभी विचार मुझे विश्लेषक के इन निदानों को हटाने के लिए जाते हैं। इसलिए, जब मैंने ओपनएमपी से संबंधित चेतावनी देखी, तो मैं वास्तव में आश्चर्यचकित था। पिछले एक साल में, दर्जनों परियोजनाओं की जाँच करने के बाद, मैंने कभी भी उस विषय पर एक भी चेतावनी नहीं देखी। वाह, अभी भी कोई इस तकनीक का उपयोग करता है।

जारी की गई चेतावनियों में झूठी सकारात्मकताएँ थीं, लेकिन साथ ही मामले में चेतावनी भी थी।

 DoubleReal ILPDCWrapper::compute(....) const { .... DoubleReal score = 0; .... #pragma omp parallel for schedule(dynamic, 1) for (SignedSize i = 0; i < (SignedSize)bins.size(); ++i) { score += computeSlice_(fm, pairs, bins[i].first, bins[i].second, verbose_level); } return score; }

चेतावनी PVS-Studio: V1205 डेटा रेस जोखिम। असुरक्षित समवर्ती ऑपरेशन 'स्कोर' चर के साथ। ilpdcwrapper.c 213

राशि गलत मानी जाती है। चर 'स्कोर' को अलग-अलग थ्रेड्स में एक साथ उपयोग से संरक्षित नहीं किया गया है।

अन्य टिप्पणियां इतनी महत्वपूर्ण नहीं हैं, लेकिन फिर भी ध्यान देने योग्य हैं। समानांतर खंडों के अंदर, सभी अपवादों को पकड़ा जाना चाहिए। समानांतर अनुभाग की सीमा से अधिक होने से कार्यक्रम की असामान्य समाप्ति की संभावना है। आप इस विषय के बारे में नोट्स में पढ़ सकते हैं: " ओपनएमपी और अपवाद ", " समानांतर वर्गों के अंदर अपवादों को संभालना "।

थ्रो स्टेटमेंट का उपयोग करके स्पष्ट रूप से एक अपवाद को फेंक दिया जा सकता है। यह नए ऑपरेटर को कॉल करते समय भी हो सकता है (std :: bad_alloc)।

पहला विकल्प। GetTheoreticalmaxPosition () फ़ंक्शन अपवाद को फेंक सकता है।

 Size getTheoreticalmaxPosition() const { if (!this->size()) { throw Exception::Precondition(__FILE__, __LINE__, __PRETTY_FUNCTION__, "There must be at least one trace to ......"); } .... } virtual void run() { .... #pragma omp parallel for for (SignedSize i = 0; i < (SignedSize)seeds.size(); ++i) { .... f.setMZ( traces[traces.getTheoreticalmaxPosition()].getAvgMZ()); .... } .... }

पीवीएस-स्टूडियो चेतावनी: V1301 'थ्रो' कीवर्ड का उपयोग एक समानांतर खंड में एक प्रयास..चेक ब्लॉक के बाहर नहीं किया जा सकता है। फ़ीचरफाइंडरलॉन्गप्रोजेक्टडेलहेल्पेस्ट्रक्टेश। 199

दूसरा विकल्प। 'नए' ऑपरेटर को कॉल करना एक अपवाद को बढ़ा सकता है।

 TraceFitter<PeakType>* chooseTraceFitter_(double& tau) { // choose fitter if (param_.getValue("feature:rt_shape") == "asymmetric") { LOG_DEBUG << "use asymmetric rt peak shape" << std::endl; tau = -1.0; return new EGHTraceFitter<PeakType>(); } .... } virtual void run() { .... #pragma omp parallel for for (SignedSize i = 0; i < (SignedSize)seeds.size(); ++i) { .... TraceFitter<PeakType>* fitter = chooseTraceFitter_(egh_tau); .... } .... }

PVS-Studio चेतावनी: V1302 'नए' ऑपरेटर को एक समानांतर खंड में एक प्रयास..चेक ब्लॉक के बाहर इस्तेमाल नहीं किया जा सकता है। फीचरफाइंडरलॉफिगरगिंच। 1926

अन्य समान चेतावनियाँ:

V1301 फीचरफाइंडर एल्गोरिथ्मंचित .h 1261
V1301 mzmlfile.h 114
V1301 rawmssignalsimulation.c 598
V1301 rawmssignalsimulation.c 1152
V1301 क्रोमैटोग्रैमएक्सट्रेक्टर। 103
V1301 क्रोमैटोग्रैमएक्सट्रैक्टर।एच 118
V1302 फीचरफाइंडर एल्गोरिथ्मंच। 1931
V1302 रॉहमस्सिग्नलिमुलेशन ..c 592
V1302 रॉल्म्ससाइनसिमुलेशन.c 601
V1302 नेwathanalyzer.c 246 को खोला

2. टाइपो

 std::vector< std::pair<std::string, long> > spectra_offsets; std::vector< std::pair<std::string, long> > chromatograms_offsets; template <typename MapType> void MzMLHandler<MapType>::writeFooter_(std::ostream& os) { .... int indexlists; if (spectra_offsets.empty() && spectra_offsets.empty() ) { indexlists = 0; } else if (!spectra_offsets.empty() && !spectra_offsets.empty() ) { indexlists = 2; } else { indexlists = 1; } .... }

पीवीएस-स्टूडियो चेतावनी:

V501 समान उप-अभिव्यक्तियाँ हैं 'spectra_offsets.empty ()' बाईं ओर और '&&' ऑपरेटर के दाईं ओर। mzmlhandler.h 5288

V501 समान उप-अभिव्यक्तियाँ हैं '! Spectra_offsets.empty ()' बाईं ओर और '&&' ऑपरेटर के दाईं ओर। mzmlhandler.h 5292

बहुत अजीब जाँच। कंटेनर 'स्पेक्ट्रा_ऑफसेट्स' को दो बार जांचा जाता है। सबसे अधिक संभावना है, यह एक टाइपो है और दो अलग-अलग कंटेनरों की जांच होनी चाहिए: स्पेक्ट्रा_ऑफसेट्स और क्रोमैटोग्राम्स_ऑफसेट्स।

 template <typename MapType> void MzMLHandler<MapType>::characters( const XMLCh* const chars, const XMLSize_t) { .... if (optionalAttributeAsString_(data_processing_ref, attributes, s_data_processing_ref)) { data_.back().meta.setDataProcessing( processing_[data_processing_ref]); } else { data_.back().meta.setDataProcessing( processing_[data_processing_ref]); } .... }

PVS-Studio चेतावनी: V523 'तत्कालीन' कथन 'और' कथन के बराबर है। mzmlhandler.h 534

यदि आप समान कोड अंशों को देखते हैं, तो हम यह निष्कर्ष निकाल सकते हैं कि इसका उपयोग करना आवश्यक था:

प्रसंस्करण_ [data_processing_ref]
प्रसंस्करण_ [डिफ़ॉल्ट_प्रोसेसिंग_]

कई टाइपो अपवादों की पीढ़ी से संबंधित थे। गलतियाँ आम बात हैं। 'थ्रो' कीवर्ड को भुला दिया जाता है। एक अस्थायी वस्तु बस बनाई जाती है और तुरंत नष्ट हो जाती है। इस तरह की त्रुटि का एक उदाहरण:

 inline UInt asUInt_(const String & in) { UInt res = 0; try { Int tmp = in.toInt(); if (tmp < 0) { Exception::ConversionError( __FILE__, __LINE__, __PRETTY_FUNCTION__, ""); } res = UInt(tmp); } catch (Exception::ConversionError) { error(LOAD, String("UInt conversion error of \"") + in + "\""); } return res; }

PVS-Studio चेतावनी: V596 ऑब्जेक्ट बनाया गया था, लेकिन इसका उपयोग नहीं किया जा रहा है। 'थ्रो' कीवर्ड गायब हो सकता है: थ्रू कनवर्ज़नError (FOO); xmlhandler.h 247

यहाँ की पहचान टाइपो:

inclusionexclusionlist.c 281
inclusionexclusionlist.c 285
precursorionselectionpreprocessing.c 257
संशोधन सं। 419
संशोधन। c। 442
svmtheoreticalspectrumgeneratorset.c 103
logconfighandler.c 285
logconfighandler.c 315
suffixarraytrypticcompressed.c 488
tooldescription.c 147
tofcalibration.c 147

और आखिरी टाइपो मैंने देखा:

 inline typename Value<Pipe>::Type const & operator*() { tmp.i1 = *in.in1; tmp.i2 = *in.in2; tmp.i3 = *in.in2; return tmp; }

चेतावनी PVS-Studio: V525 समान ब्लॉकों के संग्रह वाला कोड। 'इन', 'इन', 'इन', 'इन' को 112, 113, 114, 114 पर चेक करें। पाइप_जॉइनर। 112 112

यह लिखा जाना चाहिए:

 tmp.i1 = *in.in1; tmp.i2 = *in.in2; tmp.i3 = *in.in3;

3. एक अजीब स्थिति

 CompressedInputSource::CompressedInputSource( const String & file_path, const char * header, MemoryManager * const manager) : xercesc::InputSource(manager) { if (sizeof(header) / sizeof(char) > 1) { head_[0] = header[0]; head_[1] = header[1]; } else { head_[0] = '\0'; head_[1] = '\0'; } .... }

PVS-Studio चेतावनी: V514 एक और मान द्वारा एक पॉइंटर 'sizeof (हेडर) का आकार विभाजित करता है। तार्किक त्रुटि उपस्थिति की संभावना है। कंप्रेशिनपुटसोर्स ५२

यदि हम सूचक के आकार को बाइट के आकार से विभाजित करते हैं, तो हमें हमेशा एक से अधिक मूल्य मिलते हैं। कम से कम मुझे फैंसी आर्किटेक्चर के बारे में नहीं पता है कि यह कहां है। तो यहाँ किसी प्रकार की गलती है।

इसी तरह की एक अजीब जाँच यहाँ उपलब्ध है: compressinputsource.c 104

4. किसी स्थानीय वस्तु का लिंक लौटाना

 template <typename TStringSet, typename TSpec> inline Iter<TStringSet, ConcatVirtual<TSpec> > const & operator++(Iter<TStringSet, ConcatVirtual<TSpec> > & me, int) { Iter<TStringSet, ConcatVirtual<TSpec> > before = me; goNext(me); return before; }

PVS-Studio चेतावनी: V558 फ़ंक्शन अस्थायी स्थानीय ऑब्जेक्ट का संदर्भ देता है: पहले। iter_concat_virtual.h 277

फ़ंक्शन अस्थायी चर 'से पहले' का संदर्भ देता है। जब आप फ़ंक्शन से बाहर निकलते हैं, तो यह चर नष्ट हो जाएगा। किसी नष्ट हुई वस्तु के संदर्भ का उपयोग करने से अप्रत्याशित परिणाम होंगे।

यह मुझे लगता है कि एक नया पुनरावृत्त बनाने के लिए आवश्यक नहीं था, लेकिन लिंक को बचाने के लिए:

 Iter<TStringSet, ConcatVirtual<TSpec> > &before = me;

[पीएस गलत। टिप्पणियां देखें]

ऑपरेटर '-' में एक समान समस्या है: iter_concat_virtual.h 310

5. मैला कंप्यूटिंग

 typedef size_t Size; typedef double DoubleReal; void updateMeanEstimate(const DoubleReal & x_t, DoubleReal & mean_t, Size t) { DoubleReal tmp(mean_t); tmp = mean_t + (1 / (t + 1)) * (x_t - mean_t); mean_t = tmp; }

PVS-Studio चेतावनी: V636 '1 / (t + 1)' की अभिव्यक्ति को 'int' प्रकार से 'डबल' प्रकार में निहित किया गया था। एक आंशिक भाग के नुकसान से बचने के लिए एक स्पष्ट प्रकार के कलाकारों का उपयोग करने पर विचार करें। एक उदाहरण: डबल ए = (डबल) (एक्स) / वाई ;; masstracedetection.c 129

अभिव्यक्ति "(1 / (t + 1))" हमेशा शून्य या एक होती है। यह इस तथ्य के कारण है कि यह अभिव्यक्ति पूर्णांक है। शायद यह पूरी तरह से अलग परिणाम प्राप्त करने के लिए सोचा गया था, एक और। मुझे कार्यक्रम के तर्क का पता नहीं है, लेकिन मुझे लगता है कि मुझे निम्नलिखित बातों का ध्यान रखना चाहिए:

 tmp = mean_t + (1.0 / (t + 1)) * (x_t - mean_t);

मुझे यह भी पसंद नहीं आया कि M_PI स्थिर के बजाय, स्पष्ट मान का उपयोग किया जाता है, और बहुत सटीक नहीं। यह निश्चित रूप से गलती नहीं है, लेकिन बहुत अच्छा नहीं है। एक उदाहरण:

 bool PosteriorErrorProbabilityModel::fit( std::vector<double> & search_engine_scores) { .... incorrectly_assigned_fit_param_.A = 1 / sqrt(2 * 3.14159 * pow(incorrectly_assigned_fit_param_.sigma, 2)); .... }

चेतावनी PVS-Studio: V624 निरंतर 3.14159 का उपयोग किया जा रहा है। परिणामी मूल्य गलत हो सकता है। <Math.h> से M_PI निरंतर का उपयोग करने पर विचार करें। पोस्टीरियररप्रोएबिलिटीमॉडेल। सी सी 92

इसी तरह:

पोस्टवर्यररप्रोएबिलिटीमॉडल .C 101
पोस्टीरियररप्रोएबिलिटीमॉडल। सी सी 110
पोस्टवर्यररप्रोएबिलिटीमॉडल ..c 155
पोस्टीरियररप्रोएबिलिटीमॉडल। 162

6. सरणी में विदेश जाना

 static const Int CHANNELS_FOURPLEX[4][1]; static const Int CHANNELS_EIGHTPLEX[8][1]; ExitCodes main_(int, const char **) { .... if (itraq_type == ItraqQuantifier::FOURPLEX) { for (Size i = 0; i < 4; ++i) { std::vector<std::pair<String, DoubleReal> > one_label; one_label.push_back(std::make_pair<String, DoubleReal>( String("Channel ") + String(ItraqConstants::CHANNELS_FOURPLEX[i][0]), DoubleReal(ItraqConstants::CHANNELS_FOURPLEX[i][0]))); labels.push_back(one_label); } } else //ItraqQuantifier::EIGHTPLEX { for (Size i = 0; i < 8; ++i) { std::vector<std::pair<String, DoubleReal> > one_label; one_label.push_back(std::make_pair<String, DoubleReal>( String("Channel ") + String(ItraqConstants::CHANNELS_FOURPLEX[i][0]), DoubleReal(ItraqConstants::CHANNELS_FOURPLEX[i][0]))); labels.push_back(one_label); } } .... }

PVS- स्टूडियो चेतावनी: V557 ऐरे ओवररन संभव है। 'I' इंडेक्स का मान 7. itraqanalyzer.c 232 तक पहुंच सकता है

वास्तव में, इस त्रुटि को कॉपी-पेस्ट त्रुटियों के लिए जिम्मेदार ठहराया जा सकता है। लेकिन एक "सरणी की सीमा से बाहर निकलें" होने दें। यह अधिक डराने लगता है। वैसे भी, यह विभाजन बहुत मनमाना है। एक ही त्रुटि को विभिन्न तरीकों से वर्गीकृत किया जा सकता है।

यहाँ, 'और' शाखा में, आपको 'CHANNELS_EIGHTPLEX' के सरणियों के साथ काम करना था। यह टिप्पणी से स्पष्ट है:

 else //ItraqQuantifier::EIGHTPLEX

हालांकि, कॉपी किए गए कोड के टुकड़े को पूरी तरह से नहीं बदला गया था। नतीजतन, सरणी CHANNELS_FOURPLEX, जो छोटा है, वहां उपयोग किया जाता है।

यहां एक समान त्रुटि (एक और कॉपी-पेस्ट): tmtanalyzer.c 225

एक अन्य उदाहरण पर विचार करें।

 DoubleReal masse_[255]; ///< mass table EdwardsLippertIterator::EdwardsLippertIterator(const EdwardsLippertIterator & source) : PepIterator(source), f_file_(source.f_file_), actual_pep_(source.actual_pep_), spec_(source.spec_), tol_(source.tol_), is_at_end_(source.is_at_end_), f_iterator_(source.f_iterator_), f_entry_(source.f_entry_), b_(source.b_), e_(source.e_), m_(source.m_), massMax_(source.massMax_) { for (Size i = 0; i < 256; i++) { masse_[i] = source.masse_[i]; } }

PVS- स्टूडियो चेतावनी: V557 ऐरे ओवररन संभव है। 'I' इंडेक्स का मान 255 तक पहुंच सकता है। edwardslippertiterator.c 134

कॉपी कंस्ट्रक्टर masse_ array के साथ सही तरीके से काम नहीं करता है। इसमें 255 तत्व शामिल हैं। और 256 तत्वों की नकल की जाती है।

सही चक्र:

 for (Size i = 0; i < 255; i++) { masse_[i] = source.masse_[i]; }

बेहतर अभी तक, जादू स्थिरांक का उपयोग न करें।

7. डिप्रेस्ड ऑपरेटर कॉल 'नया'

 svm_problem * LibSVMEncoder::encodeLibSVMProblem(....) { .... node_vectors = new svm_node *[problem->l]; if (node_vectors == NULL) { delete[] problem->y; delete problem; return NULL; } .... }

पीवीएस-स्टूडियो चेतावनी: V668 नल के खिलाफ 'नोड_वेक्टर' पॉइंटर के परीक्षण में कोई मतलब नहीं है, क्योंकि स्मृति को 'नए' ऑपरेटर का उपयोग करके आवंटित किया गया था। मेमोरी आवंटन त्रुटि के मामले में अपवाद उत्पन्न होगा। libsvmencoder.c 177

"If (node_vectors == NULL)" की जाँच करने का कोई मतलब नहीं है। यदि मेमोरी आवंटित नहीं की जा सकती है, तो एक अपवाद फेंक दिया जाएगा। परिणामस्वरूप, प्रोग्रामर योजनाबद्ध तरीके से व्यवहार नहीं करेगा। उदाहरण के लिए, स्मृति रिसाव हो जाएगा।

इसी तरह की अप्रचलित जांच:

file_page.h 728
libsvmencoder.c 160

निष्कर्ष

मुझे लगता है कि न केवल Cppcheck, Cpplint, बल्कि PVS-Studio का उपयोग करना उपयोगी होगा। खासकर यदि आप इसे नियमित रूप से करते हैं। मैं support@viva64.com पर हमें लिखने के लिए परियोजना के डेवलपर्स को आमंत्रित करता हूं। थोड़ी देर के लिए, हम अधिक विस्तृत ओपनएमएस परीक्षण के लिए एक कुंजी आवंटित करेंगे।

हम cppcheck के बाद मशरूमिंग करते हैं