霊長類の木の視覚化

霊長類の木の視覚化


年の初めにスタニスラフ・ドロビシェフスキー は霊長類の起源の詳細なツリーを発表しました。 PDF版


Vkontakteのコメンテーターはインタラクティブなバージョン(1、2、3、4)を要求しました。これは、新しいデータが表示されたときに学習するのがより便利で更新しやすいためです。


Olya Mokhovaと私は、古霊長類学を支援することを決定し、d3jsでプロトタイプを作成しました。


左側は元の図、右側はバージョンです:
前後


プロジェクトサイト


仕事がどのように進み、どのテクニックが私たちを助けたのかを説明します。


目的


最初に、有名な図のより高度なバージョンである、人気のある科学スキームを作成します。
人類の進化


しかし、これについてはすでにGleb Krauklishによる素晴らしいプロジェクトがあります。


私たちは別の方法で行くことを決めました。考古学的データの集約のためのプロトタイプシステムを作ることです。 もちろん、構造プレートの動き、発見の写真、各分類群の詳細情報、ウィキペディアへのリンク、および年間平均気温のグラフでメガプロジェクトを作りたいと思っています。 ただし、既存のスキームのインタラクティブバージョンを作成することから始めることにします。


設計


元の回路では、色はほとんど使用されません。 たとえば、獣が見つかった大陸を色で表示できます。


また、分類群(生物のグループ)の階層をより明確に示したいと思います。


最初のスケッチを作成します。


最初のスケッチ


すぐに質問が発生します。 たとえば、「家族の絆はどういうわけか分類群の入れ子に依存するべきでしょうか?」ウィキペディアを掘り下げて、 墓地モノフィリアについて調べる必要があります。 私はスタニスラフから、図には偏見がないことを知っています。つまり、家族の絆の木は分類群の入れ子と一致する必要はありません。


実際のデータと同様のデータを使用して、回路の一部を描画します。 最も不便なデータを使用して、レイアウト段階でできるだけ多くのコーンを収集しようとしています。 収まらない名前を取り、スライダーの値が別のテキストにどのように重ねられるかを示します。


レイアウト


データベース


プロジェクトはGithubページでホストされています 。 最初は、Googleテーブルにデータを準備し、それをcsvに変換してgithubにコミットしたかったのです。 その結果、Googleテーブルから直接データを読み込むことにしました。


このソリューションの利点:



短所:



データをコピーする


主な困難は、分類群の深いネストです。 すべてのランクのリストは次のとおりです。


  1. 平和部隊
  2. デタッチメント
  3. サブオーダー
  4. インフラ部隊
  5. パルボトライアド
  6. スーパーファミリー
  7. 家族
  8. 亜科
  9. 種類

データのコピーと検証を簡単にするために、回路の上部に色付きのサイコロを塗りました。 色は分類群のランクを意味し、名前は上部に署名されています。


配色
フルバージョン


レリャ・コレスニコワは救助に来ました。 PDFのデータを300行のテーブルにコピーします。 もちろん、プロセスを自動化したいのですが、これは難しいです。手動で転送しても微妙なニュアンスがわからない場合があります。


アートワーク


写真は単調なキャンバスを多様化し、分類群の代表者がどのように見えるかを大まかに想像するのに役立ちます。 イラストレータープロジェクトを呼び出します。 Tatyana Sergeevnaは仕事に取りかかります。


参照について説明します。
参照資料


ターニャが描く典型的な代表者の写真と再構成を選択します。 一部の幾何学的な図は、種ごとに大きく異なる詳細から注意をそらすのに役立ちます。


描画プロセス


データ検証


PDFからデータに転送するとき、エラーが入り込みました。 したがって、スタニスラフにスキームを示す前に、私たちは自分自身をチェックします。


  1. 各国はいずれかの大陸にのみ関連する必要があります。 このコンプライアンスをピボットプレートで確認します。

場所を確認するためのピボットテーブル


  1. 期間を確認しやすくするために、d3にミニグラフを作成し、チャート上で期間の開始と終了に直接署名します。 最初からそうする必要がありました。

署名された期間


  1. 分類群の名前は互いに似ていることがありますが、実際には異なります。 このようなエラーから身を守るために、分類列の横にハッシュ画像を挿入します。 2つの単語が少なくとも1文字異なる場合、写真が異なる可能性が高く、エラーが検出されます。

ハッシュ写真


写真はhttp://avatars.adorable.io/からロードされます


難しさ


作業の過程で、興味深い問題が発生し、スタニスラフと話し合います。


たとえば、いくつかの分類群は後のものから来ています。 たとえば、Amphipithecidae→Oligopithecinae→Perupithecus ucayaliensis。 もちろん、これは不可能であり、アンフィピテシダ科とオリゴピテシネ科の以前の代表はまだ見つかっていません。 過去に人為的に親分類群を増やすことにしました:


「プライマー」の問題の解決策


最初は、「ブリック」間でのみ接続が可能であると考えていましたが、「ブリック」と「フレーム」の両方の分類群を接続する機能が必要であることがわかりました。 これまでに問題のある接続を削除する必要があります(インフラ分離EOSIMIIFORMESから)


過剰分類から矢印を構築できない


時々面白いことが起こります:


神秘的なセムノピテク


未来のために



プロジェクトサイト


何がうまくいったと思いますか、何が悪いと思いますか? プロジェクトをどのように改善しますか?


処理し、視覚化し、人々に示す必要がある興味深いデータがある場合は、ご連絡ください。ivan@ dianov.org、電報:@ivan_dianov



Source: https://habr.com/ru/post/J430324/


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